این کمیته یکی از ارکان قضائی فدراسیون محسوب می شود که می تواند بر اساس مفاد اساسنامه فدراسیون و آئین نامه انضباطی محرومیت هایی را برای باشگاهها، آژانس ها، بازیکنان، مربیان و مسئولین باشگاهها در نظر بگیرد. ریاست کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال بر عهده اسماعیل حسن زاده می باشد.
