עוד נכתב בדו"ח כי ניהול הסכסוך של ישראל על פי תפיסת "כיסוח הדשא" עומד להתיש את עצמו, "והוא אף עלול להוביל לפיצוץ של אלימות נרחבת, המהווה את האתגר האסטרטגי האמיתי העומד בפני ישראל".
בדו"ח נכתב כי "מבצע זה היה עץ נוסף ביער הטרור המתרחב, והוא פרק נוסף ברוח ההתנגדות הפלסטינית המתגבשת בסגנון הג'יהאד האסלאמי בשיתוף חמאס וגדודי אל-אקצא. המזוהה עם פתח. וכל זה בעידוד איראן וחיזבאללה. נכון לעכשיו, חשוב להסתכל על כל היער, לא להתמקד באחד העצים שבו".
על פי הדיווח, תנועת הג'יהאד האיסלאמי היא זרוע איראנית, שמטרתה לדבוק ברעיון ההתנגדות המזוינת, ולכלול בפעילותה פעילים ללא שיוך סיעתי. הוא ציין כי מרכז הפעילות הצבאית של התנועה עבר מג'נין לשכם, עקב פעולות כוחות הכיבוש בג'נין, "אך הוא לא נעלם והראיה היא שמבצעי מבצע האוטובוס הגיעו מאזור ג'נין. ."
עוד נכתב בדיווח כי "למרות מספר העצורים הגבוה והגידול המשמעותי במספר ההרוגים והפצועים הפלסטינים, רוח ההתנגדות הפלסטינית התחזקה והתפשטה ברחבי יהודה ושומרון".
בדו"ח נכתב עוד כי חמאס ממשיך במאמצים לבסס את כוחו, וגדודי חללי אל-אקצא ממשיכים להתרחק מהרשות הפלסטינית, ו"מסורות שיתוף הפעולה בין הפלגים העמיקו באזור ג'נין".
בניגוד למדיניות שממשלת ישראל מנסה לפעול לפיה, הדו"ח סבור כי "מצוקה כלכלית לבדה אינה גורם המסביר תופעה זו, אלא מודעות למאבק שמתרחב, וניזונה מהרמה הגבוהה של החיכוך האלים עם הצבא הישראלי, ובתחושת הצלחה, במיוחד מהוואקום האוטוריטרי של הרשות הפלסטינית".
לפי הדיווח, ישראל עושה צעדים גדולים מאוד לקראת "הדילמה האסטרטגית": מצד אחד, חידוש יוזמה מדינית לקראת היפרדות מהפלסטינים, גם אם היא מוגבלת בהיעדר אפשרות להגיע לקבע. התיישבות בעתיד הנראה לעין, אך יוזמה כזו תתייחס ל"הכרה ישראלית ברשות הפלסטינית כשותפה בתהליך ההתיישבות, וכן עידוד חיזוקה כחלופה להנהגת ההתנגדות המזוינת.
החלק השני של "הדילמה האסטרטגית", על פי הדיווח, הוא מבצע צבאי רחב היקף, בדומה לקמפיין "חומת מגן" שפלש לגדה המערבית ב-2002, במטרה "לנתץ את תשתית הטרור שהיא מתפתח ברחבי יהודה ושומרון ומשתרע עד בנימין", כלומר אזור רמאללה וצפון ירושלים.
עוד נכתב בדו"ח כי ההתמודדות של ישראל עם חמאס בעזה, "הכוללת הקלות ובמקביל תגובה צבאית מוגבלת ובתמורה גם מבצע קשה נגד הפעולות הפלסטיניות ביהודה ושומרון, מהווה כר פורה להעצמת הרוח. של התנגדות פלסטינית ותורם ללא כוונה להחלשת הרשות הפלסטינית. שירותי הביטחון הפלסטינים כמשתפי פעולה עם ישראל על חשבון האינטרס הלאומי הפלסטיני".
